История села Фанагорийское начитается уже примерно с 1881 года. Первое же упоминание появляется на Кубани в VI – IV веках. до н. э. На территории Таманского полуострова был город, основанный лонеянином или теосцем Фанагором, который бежал от притеснений персов. Другая версия гласит, что Фанагор был Греческим ойкистом. Он был назначенным управляющим новой колонией в самой Древней Греции. Этот самый город простоял около одной тысячи лет, став номером два в Боспорском царстве. Позже Гунны уничтожили город сравняв его с землей. Но имя Фанагор осталось и стало привлекать внимание как название одного из островов Таманского полуострова, который сильно удален от нынешнего расположения села Фанагорийское. Уже на много позже Александр Суворов назвал любимый полк этим именем – Фанагорийский гренадерский.

История имени продолжалась и дальше. Так Екатерина передала черноморцам часть Кубани, куда входила и Фанагория. В тех же местах даже была построена крепость с таким же названием, которая первоначально была одним из 5 административных центров Черномории. Со временем крепость была упразднена и, казалось бы, данное название было навсегда забыто. Но уже в 1864 году, когда Кавказская война была практически завершена, а на территории Кубани и так называемом Закубанье шла активная колонизация земель, была основана станица Фанагорийская. Хотя место было выбрано не самое удачное, и казаки не хотели селиться на этой территории. К счастью, постепенно здесь стали обосновываться армяне, греки, и в 1898 г. уже официально появилось село Фанагорийское, название которого блуждало по всему черноморскому побережью и хранит имя человека, прибывшего сюда из Эллады 2500 лет назад. Сегодня село насчитывает около 1000 жителей. В нем есть несколько магазинов, клуб, школа и церковь. Это одно из самых уютных мест, которое можно купить в Краснодарском крае как собственную дачу или загородный домик на юге России.